E.ON Energie România are încheiate mai multe parteneriate pentru plata facturilor de gaze naturale, energie electrică și servicii, astfel încât clienților companiei să nu li se perceapă comisioane. Compania recomandă utilizarea canalelor de plată agreate, întrucât plățile sunt sigure, iar transferurile se fac fără întârzieri. În prezent, clienții companiei E.ON Energie România au la dispoziție o gamă largă de posibilități de achitare a facturilor prin intermediul soluțiilor de plată oferite de BRD, BCR, ING Bank, UniCredit Bank, Banca Transilvania, Raiffeisen Bank, CreditCoop, Orange Money, un-doi Centru plăți, Westaco și PayPoint.
În cazul în care clienții plătesc facturile prin intermediul altor canale de plată decât cele agreate, aceștia vor plăti comisioane. În plus, își asumă riscul ca sumele reprezentând contravaloarea facturilor de gaze naturale și energie electrică achitate să nu ajungă în conturile companiei E.ON Energie România, consecința fiind aceea că vor fi somați și deconectați pentru neplată. De asemenea, clienții trebuie să fie atenți la denumirea furnizorului atunci când fac plata facturilor, fiind întâlnite anumite canale de plată unde figurează denumiri ale unor companii inexistente în lista furnizorilor de servicii.